ALL SEQ-DNA Protein Interactions(一)

1.DamID

DNA腺嘌呤甲基轉(zhuǎn)移酶相互作用檢測

DamID允許在活細(xì)胞中鑒定蛋白質(zhì)結(jié)合位點而無需交聯(lián)或免疫沉淀。它在2006年作為微陣列方法開發(fā)，然后才適應(yīng)NGS?（Vogel等，2006）。

DamID涉及由DNA腺嘌呤甲基轉(zhuǎn)移酶（Dam）和感興趣的染色質(zhì)蛋白組成的融合蛋白的低水平表達(dá)。該融合蛋白靶向染色質(zhì)蛋白的天然結(jié)合位點，其中Dam甲基化周圍DNA中的腺嘌呤。隨后，分離甲基化的DNA片段，通過選擇性PCR擴(kuò)增，并測序。

好處：

允許在活細(xì)胞中鑒定蛋白質(zhì)結(jié)合位點，而無需交聯(lián)或免疫沉淀

提供專用算法?（Li et al。，2015）

缺點：

可能有毒

模仿千字節(jié)大小的area

2.DNase I SIM

DNase I簡化植物的核 - 核方法

該方法是專門用于植物的簡化DNase I方案（Cumbie等，2015）。它包含在DNase I消化之前在Percoll梯度中進(jìn)行細(xì)胞核純化的額外步驟，以更有效地去除細(xì)胞碎片和淀粉顆粒。使用T4 DNA聚合酶的DNA末端拋光步驟在DNA酶I消化后直接在細(xì)胞核中進(jìn)行。這些額外的步驟消除了對凝膠純化及其伴隨的材料損失的需要。

好處：

不需要凝膠純化

缺點：

僅針對植物進(jìn)行了優(yōu)化

3. MNase-SEQ /

微球菌核酸酶測序/微球菌核酸酶_輔助分離核小體/分離的核小體測序/分離的核小體測序

微球菌核酸酶（MNase）來源于金黃色葡萄球菌，其首次用于確定染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的歷史可以追溯到1975年，當(dāng)時該方法被稱為各種核葡萄球菌核酸酶或微球菌核酸酶消化細(xì)胞核或染色質(zhì)?（Sollner-Webb et al。， 1975）?（Axel等，1975）。隨著NGS的出現(xiàn)，MNase消化?（Schones等人，2008）?變得更加流行，并且最終創(chuàng)造了術(shù)語MNase-Seq?（Kuan等人，2009）。術(shù)語MNase輔助分離核小體測序（MAINE-seq）?（Cusick等，1981）?（Ponts等，2010），Nucleo-Seq?（Valouev等，2011）和Nuc-seq?（Chodavarapu等，2010）?不常用。與目的蛋白融合的MNase也已用于鈣依賴性切割以研究體內(nèi)特定的基因組基因座（ChEC-seq）?（Zentner等，2015）。

在MNase-Seq中，用MNase處理gDNA。保護(hù)染色質(zhì)蛋白結(jié)合的序列免受MNase消化。接下來，提取來自DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物的DNA并用于制備測序文庫。深度測序可準(zhǔn)確表示基因組中調(diào)節(jié)DNA結(jié)合蛋白的位置?（Schones等，2008）

好處：

可以繪制核小體和其他DNA結(jié)合蛋白?（Zentner等，2012）

足跡亞核小體顆粒可保護(hù)低至約25 bp?（Henikoff等，2011）

識別基因組中各種調(diào)節(jié)蛋白的位置

缺點：

MNase位點可能不占整個基因組

AT依賴性序列偏倚?（Kensche等，2016）

MNase與ChIP數(shù)據(jù)的整合對于鑒定和區(qū)分相似的蛋白質(zhì)結(jié)合位點是必要的

4.X-ChIP

高分辨率交聯(lián)染色質(zhì)免疫沉淀測序

交聯(lián)染色質(zhì)免疫沉淀（X-ChIP）是染色質(zhì)研究的基礎(chǔ)技術(shù)?（Breiling等，2001）?（Negre等，2001）。隨著NGS的出現(xiàn)，這種簡單的技術(shù)，現(xiàn)在稱為X-ChIP-seq，能夠產(chǎn)生高分辨率的結(jié)果（Skene等，2015）。

該方法包括在室溫下用含1％甲醛的細(xì)胞中染色質(zhì)結(jié)合的DNA交聯(lián)10分鐘。洗滌細(xì)胞并重懸于裂解緩沖液中。在MNase消化后，通過短暫超聲處理使染色質(zhì)溶解，然后進(jìn)行染色質(zhì)免疫沉淀。提取DNA，富集短片段，并用于制備測序文庫。

好處：

單基分辨率

缺點：

超聲處理可能引入序列偏差?（Teytelman et al。，2009）

無論持續(xù)時間如何，都能捕獲蛋白質(zhì)-DNA相互作用?（Zentner等，2015）

5.ORGANIC

從親和純化的天然分離的染色質(zhì)占據(jù)基因組的區(qū)域

有機(jī)物是一種溫和的方案，可避免交聯(lián)和超聲處理?（Kasinathan等，2014）。該方法是MNase-Seq和天然ChIP的組合，其提供復(fù)雜真核基因組中染色質(zhì)占據(jù)區(qū)域的精確圖譜。

好處：

避免超聲偏差?（Teytelman et al。，2009）

避免交聯(lián)偽影?（Zentner等，2014）

缺點：

蛋白質(zhì)的溶解性可能很差?（Zentner et al。，2014）

MNase序列偏倚?（Kensche等，2016）

細(xì)胞核隔離可能會引入偽影

其他實驗室沒有復(fù)制